W opublikowanym względnie niedawno na łamach czasopisma „Religions” artykule On the Relationship between Design and Evolution1 [O relacji między hipotezą projektu a teorią ewolucji] poruszyliśmy wiele tematów w odpowiedzi na książkę The Compatibility of Evolution and Design2 [Zgodność między teorią ewolucji a hipotezą projektu], której autorem jest Erkki Vesa Rope Kojonen. Teolog ten próbuje pogodzić ze sobą teorię ewolucji głównego nurtu ze swoim ujęciem projektu. Jednym z rozważanych przez nas zagadnień jest przykład wici bakteryjnej. Kojonen uważa, że wić bakteryjna stanowi świadectwo projektu, który jest jednocześnie zgodny z teorią ewolucji. Inaczej mówiąc, sądzi on, że wić wyraźnie wskazuje na projekt w pełni spójny z teorią ewolucji. W związku z tym wić nie stanowi według Kojonena problemu dla podjętej przez niego próby połączenia „projektu” i „ewolucji” w spójną całość.
Ja, Stephen Dilley, Brian Miller i Emily Reeves nie zgadzamy się z Kojonenem w tej i innych kwestiach, o czym piszemy w serii postów na blogu „Evolution News & Science Today”. Jak stwierdziliśmy w artykule:
Argumentujemy […], że typ projektu ucieleśniony w wici bakteryjnej jest niezgodny z teorią ewolucji głównego nurtu. Podważa to podjętą przez Kojonena filozoficzną próbę pogodzenia ze sobą idei „projektu” i idei „ewolucji”. W rezultacie proponowane przez Kojonena połączenie „ewolucji i projektu” przeczy samo sobie: jeden człon koniunkcji podważa drugi. Inaczej mówiąc, wić bakteryjna dostarcza takiego świadectwa „projektu”, które przeczy idei „ewolucji”3.
Aby objaśnić ten problem, najpierw zaprezentujemy koncepcję nieredukowalnej złożoności:
Zaczniemy od przedstawienia wstępnej definicji. W opublikowanej w 1996 roku książce Czarna skrzynka Darwina biochemik Michael J. Behe zdefiniował „nieredukowalną złożoność” w sposób następujący: „Darwin wiedział, że jego teoria stopniowej ewolucji drogą doboru naturalnego niesie ciężkie brzemię: „Jeśliby można było wykazać, że istnieje jakikolwiek narząd złożony, który nie mógłby być utworzony na drodze licznych, następujących po sobie, drobnych przekształceń – teoria moja musiałaby absolutnie upaść”4. […] Jaki rodzaj układu biologicznego nie mógłby powstać drogą „licznych, następujących po sobie, drobnych przekształceń”? Cóż, mógłby być to układ, który jest nieredukowalnie złożony. Za nieredukowalnie złożony uznaję pojedynczy system składający się z poszczególnych, dobrze dopasowanych, oddziałujących ze sobą części, które biorą udział w pełnieniu podstawowej funkcji układu, a usunięcie jakiejkolwiek z tych części powoduje, że system przestaje sprawnie funkcjonować”5.
Behe ilustruje koncepcję nieredukowalnej złożoności za pomocą przykładu pułapki na myszy. Zauważył on, że pułapka na myszy jest układem nieredukowalnie złożonym: składa się z pięciu części (podstawy, sprężyny, ramki, zapadki i drążka przytrzymującego), a każda z nich jest istotna dla funkcjonowania pułapki. Pułapka składająca się z 80% części nie złapie 20% mniej myszy. Na przykład bez ramki pułapka nie złapie żadnej myszy. Po prostu będzie zupełnie niefunkcjonalna. Muszą być wszystkie części, aby pułapka mogła pełnić swoją funkcję6.
Pozytywny argument na rzecz projektu
Behe pokazuje więc, dlaczego nieredukowalna złożoność stanowi problem dla wyjaśnień darwinowskich. Dlaczego jednak najlepszym jej uzasadnieniem ma być teoria inteligentnego projektu? Tak tłumaczymy to w artykule:
Zgodnie z szerszą argumentacją Behego najlepszym wyjaśnieniem układów nieredukowalnie złożonych jest działanie umysłu, nie zaś pozbawionych umysłu procesów fizycznych. Na podstawie powtarzalnego doświadczenia wiemy, że istoty inteligentne tworzą układy nieredukowalnie złożone – potrafią łączyć ze sobą różne części, aby uzyskać określony skutek, na przykład radio wychwytujące fale dźwiękowe albo statek kosmiczny umożliwiający podróżowanie w przestrzeni kosmicznej. Jednocześnie wiemy, że stopniowo działające procesy fizyczne, takie jak dobór naturalny, muszą ograniczać się do poszukiwania sąsiednich funkcji (gdyż w przeciwnym razie błądzą w sensie stochastycznym, a nawet w ogóle nie są w stanie przynieść pożądanego skutku). Aby taki proces jak dobór naturalny utworzył jakąś nową cechę, każdy krok musi nadawać przewagę funkcjonalną, zwiększając szansę organizmu na przetrwanie i rozmnożenie się. W przeciwnym razie taki krok będzie „niewidoczny” dla doboru naturalnego i działanie doboru nie będzie mogło w żaden sposób pomóc w przekazaniu tej cechy następnemu pokoleniu. Zgodnie więc z naszym doświadczeniem stopniowe procesy naturalne nie tworzą układów nieredukowalnie złożonych. Potrafią to jednak robić istoty inteligentne. W związku z tym sprawczość inteligentna stanowi lepsze wyjaśnienie pochodzenia układów nieredukowalnie złożonych7.
„Boskie piękno” wici bakteryjnej
Oczywiście najsłynniejszym przykładem układu nieredukowalnie złożonego jest wić bakteryjna. Wić i jej imponującą złożoność opisujemy w artykule:
Spośród licznych przykładów układów nieredukowalnie złożonych opisywanych przez Behego największą uwagę przykuwa wić bakteryjna. To organellum jest „prawdziwym silnikiem obrotowym”8, który napędza ruch bakterii w środowisku wodnym, szybko wykonując obroty przypominającym bat ogonem. Jego działanie jest podobne do działania silnika zaburtowego.
[…]
Harwardzki biolog Howard Berg uznał wić bakteryjną za „najwydajniejszą maszynę we Wszechświecie”9. Nietrudno zrozumieć, dlaczego tak jest. To prawdziwa maszyna, składająca się z 35–40 rodzajów białek, wszystkich pełniących właściwe sobie funkcje, a razem pełniących funkcję zintegrowaną. Jest wyposażona w pamięć krótkotrwałą, system automontażu i cechuje się wydajnością przyćmiewającą wszystkie wytwory ludzkiej inżynierii. Wić ma wysoce wydajny, zasilany przepływem protonów silnik obrotowy, który wykonuje 100 000 obrotów na minutę. Jest to jedna z najlepiej poznanych maszyn molekularnych w nauce10.
[…]
Inżynieryjną logikę wici bakteryjnej szczegółowo opisał inżynier i informatyk Waldean Schulz11. Wykazał on, że napęd obrotowy wymaga obecności różnych ściśle zintegrowanych układów: silnika wiciowego i filamentu, mechanizmów dostarczania części, systemu automontażu oraz systemu nawigacji. Każdy z nich jest istotny dla funkcjonowania wici, każdy składa się z licznych rodzajów białek i każdy musi spełniać bardzo ścisłe warunki nakładane przez nadrzędną logikę projektową.
Wić zawiera też następujące podukłady:
• Wyposażony w statory silnik obrotowy generujący większy moment obrotowy w bardziej lepkich środowiskach dzięki wykorzystaniu pomysłowo zaaranżowanej strategii odpowiedzi adaptacyjnej. Silnik zawiera również sprzęgło, które wstrzymuje napęd, kiedy jest to korzystne12.
• Przypominający śrubę napędową filament13.
• Systemy konserwujące silnik i filament14.
• System montażu obejmujący bramkę eksportową, która przenosi białka docelowe poza obręb bakterii we właściwych ilościach i we właściwym czasie, aby mogły utworzyć hak i filament15.
• Systemy wstrzymujące funkcjonowanie i wyrzucające białka wici do otoczenia w niebezpiecznych lub zawierających mało składników pokarmowych środowiskach – jest to forma zarządzania ryzykiem16.
• System nawigacji chemotaktycznej wykorzystujący sensory wysyłające sygnały chemiczne do silnika, aby zmienił kierunek obrotów, gdy bakteria podąża tam, gdzie nie odniesie żadnych korzyści17.
O pomysłowości każdego z tych mechanizmów (niektóre z nich posłużyły jako modele dla wytworów ludzkich18) napisano wiele artykułów. Jeden z biologów zaobserwował, że „ponieważ wić cechuje się tak wspaniałym projektem i jest pięknie skonstruowana za sprawą działania uporządkowanego szlaku montażowego, więc nawet ja, choć nie jestem kreacjonistą, z podziwem patrzę na jej »boskie« piękno19”20.
Problemy modelu darwinowskiego
Czy wić bakteryjna stanowi wyzwanie dla standardowych wyjaśnień darwinowskich? Argumentujemy, że tak. Dostrzega to nawet Kojonen, który jest krytykiem bardzo wnikliwym. Tak opisujemy tę kwestię w artykule:
Zarówno wyniki badań w zakresie biologii porównawczej, jak i eksperymenty polegające na nokautowaniu genów wici bakteryjnej wskazują na to, że wić wymaga wielu skoordynowanych części białkowych, aby móc funkcjonować21. Maszyna o takim wyrafinowaniu – w której wszystkie istotne części muszą być obecne, aby mogła ona funkcjonować – wymaga wyjaśnienia. Kojonen dostrzega siłę argumentacji Behego: „Ponieważ główna funkcja układu nieredukowalnie złożonego powstaje dopiero po zgromadzeniu się wszystkich niezbędnych części, jest zatem niewiarygodne, aby taki układ mógł wyewoluować w ten bezpośredni sposób. Dobór naturalny nie może przecież selekcjonować funkcji, która powstaje dopiero po zgromadzeniu się wszystkich części, ponieważ selekcja nie może wybiegać w przyszłość. Stopniowa ewolucja części takiego układu, jak wić bakteryjna, musiałaby być faworyzowana przez dobór naturalny z jakiegoś innego powodu niż zwiększanie zdolności ruchowych”22.
Co więcej, Kojonen uważa, że nawet możliwość „pośredniej” ewolucji wici bakteryjnej napotyka poważne problemy i mogłaby nawet wymagać pewnej dozy „szczęśliwego zbiegu okoliczności”: „Behe przyznaje, że układ nieredukowalnie złożony mógłby w zasadzie powstać w pośredni sposób, o którym mówią jego krytycy. Twierdzi on jednak, że w miarę wzrostu złożoności układu maleje prawdopodobieństwo słuszności takich wyjaśnień ewolucjonistycznych. Ponieważ białka muszą pasować do siebie nawzajem, więc poszczególne części muszą ulec modyfikacji, zanim zaczną pełnić nową funkcję. W związku z tym „istnienie analogicznych części, pełniących inne funkcje w innych systemach, nie może złagodzić problemu nieredukowalnej złożoności nowego układu. Nacisk przenosi się po prostu z »produkowania« składników na ich »modyfikowanie«”23. Co ciekawe, H. Allen Orr, który jest krytyczny względem poglądów Behego, zgadza się z nim w tym względzie: „możemy uważać, że niektóre części układu nieredukowalnie złożonego wyewoluowały krok po kroku dla jakichś innych celów i zostały przejęte do pełnienia całkowicie nowych funkcji. Ale to też jest mało prawdopodobne. Równie dobrze można oczekiwać, że połowa skrzyni biegów samochodu stanie się nagle pomocna dla schowka na poduszkę powietrzną. Coś takiego może się zdarzyć bardzo rzadko, ale na pewno nie stanowi to ogólnego rozwiązania dla [problemu] nieredukowalnej złożoności”24. W tym przypadku odwołanie do naszego powszechnego doświadczenia dotyczącego projektowania różnych rzeczy wspiera wniosek, że tworzenie złożonego, teleologicznego uporządkowania jest trudne. Rzeczywiście potrzebna jest pewna doza szczęśliwego zbiegu okoliczności, aby części służące do jednego celu mogły tak łatwo adaptować się do pełnienia innej funkcji25”26.
Kojonen nie uważa jednak, że nieredukowalna złożoność wici bakteryjnej podważa modele ewolucyjne. Jak wielu innych krytyków Behego, powołuje się on na kooptację jako możliwy mechanizm ewolucyjny prowadzący do utworzenia wici pośrednią ścieżką ewolucyjną. Do tego modelu szczegółowo odniosę się w następnym poście, a w tej chwili ważniejsze jest zrozumienie obejmującej wiele podukładów złożoności wici i zastanowienie się, dlaczego stanowi ona duży problem dla przekonania o jej wyewoluowaniu:
Przypomnijmy sobie twierdzenie Kojonena, że „kluczową” kwestią w odniesieniu do ewolucji białek są „mutacje”, w tym ich liczba, czas ich następowania oraz tempo ich zachodzenia potrzebne do przejścia od jednego funkcjonalnego białka do drugiego. Problem jest radykalnie trudniejszy, kiedy usiłujemy rozważyć powstanie już choćby jednego z istotnych podukładów wici bakteryjnej. Na przykład można sensownie uznać, że „ewolucja” wiciowego systemu nawigacji (czyli chemotaksji) wymagałaby nastąpienia licznych mutacji. Aby mógł powstać funkcjonalny układ, który nadaje organizmowi przewagę, wszystkie mutacje musiałyby nastąpić jednocześnie – co zakrawałoby na cud – albo każda mutacja (bądź zbiór mutacji) musiałaby przynosić organizmowi przewagę funkcjonalną (lub przynajmniej mu nie szkodzić) na każdym kroku w kierunku utworzenia w pełni funkcjonalnego układu. Na szczególną uwagę zasługuje to, że białka składające się na system nawigacji nie pełnią żadnej innej funkcji w bakterii ani nie cechują się bliskim podobieństwem do jakichkolwiek innych białek […]. Częściowo utworzony system napędowy albo system nawigacji nie byłyby natomiast po prostu „neutralne”, lecz byłyby niekorzystne dla komórki, ponieważ produkcja niewłaściwie ukształtowanych białek albo jakiegoś niefunkcjonalnego układu wymagałaby wykorzystania energii, ale nie zapewniałaby żadnych kompensujących to korzyści. W istocie, ponieważ bezużyteczne części lub białka nie nadają organizmowi żadnej przewagi, więc prawdopodobnie szybko uległyby degradacji, a może nawet całkowitemu wyeliminowaniu27 28.
W następnym poście ocenię próby wyjaśnienia ewolucji wici za pomocą kooptacji/egzaptacji/ewolucji pośredniej i wykażę, dlaczego te próby napotykają wiele poważnych (nawet zgubnych) problemów – jednym z najważniejszych problemów jest trudność wyewoluowania nowych białek, o czym pisał Brian Miller29. Odpowiednie odnośniki można znaleźć w naszym artykule30.
W tej chwili mam nadzieję, że w przypadku wici bakteryjnej podjęta przez Kojonena próba pogodzenia ze sobą teorii ewolucji i hipotezy projektu (w jego ujęciu) okazuje się trudna. Kojonen chciałby uznać wić za wytwór projektu, ale jednocześnie chciałby zignorować to, że typ projektu przejawiany przez wić – nieredukowalna złożoność – stanowi duży problem dla teorii ewolucji. Pragnie on więc połączyć ideę projektu z ideą ewolucji, ale przy jednoczesnym zignorowaniu najistotniejszych cech wici. Oznacza to, że model Kojonena powinien budzić duże wątpliwości.
Oryginał: Want to Harmonize Evolution and Design? Consider the Bacterial Flagellum, „Evolution News & Science Today” 2023, December 8 [dostęp: 23 II 2024].
Przekład z języka angielskiego: Dariusz Sagan
Przypisy
- Por. S. Dilley, C. Luskin, B. Miller, E. Reeves, On the Relationship between Design and Evolution, „Religions” 2023, Vol. 14, No. 7, numer artykułu: 850, https://doi.org/10.3390/rel14070850 (przyp. tłum.).
- Por. E.V.R. Kojonen, The Compatibility of Evolution and Design, „Palgrave Frontiers in Philosophy of Religion”, Palgrave Macmillan, Cham 2021 (przyp. tłum.).
- S. Dilley, C. Luskin, B. Miller, E. Reeves, On the Relationship between Design and Evolution [wyróżnienie zgodnie z oryginałem cytatu] (przyp. tłum.).
- K. Darwin, O powstawaniu gatunków drogą doboru naturalnego, czyli o utrzymaniu się doskonałych ras w walce o byt. Dzieła wybrane, t. II, tłum. S. Dickstein, J. Nusbaum, „Biblioteka Klasyków Biologii”, Państwowe Wydawnictwo Rolnicze i Leśne, Warszawa 1959, s. 183 (przyp. tłum.).
- M.J. Behe, Czarna skrzynka Darwina. Biochemiczne wyzwanie dla ewolucjonizmu, tłum. D. Sagan, „Seria Inteligentny Projekt”, Fundacja En Arche, Warszawa 2020, s. 54 [wyróżnienie zgodnie z oryginałem cytatu].
- S. Dilley, C. Luskin, B. Miller, E. Reeves, On the Relationship between Design and Evolution (przyp. tłum.).
- Tamże (przyp. tłum.).
- S.A. Minnich, S.C. Meyer, Genetic Analysis of Coordinate Flagellar and Type III Regulatory Circuits in Pathogenic Bacteria, w: Proceedings of the Second International Conference on Design & Nature, Rhodes, Greece, ed. M.W. Collins, C.A. Brebbia, Wessex Institute of Technology Press, Southampton 2004, s. 295 [295–304].
- Cyt. za: W.A. Dembski, Logiczna podbudowa teorii inteligentnego projektu, w: Od Darwina do DNA. Debata wokół teorii inteligentnego projektu, tłum. D. Sagan, G. Malec, red. W.A. Dembski, M. Ruse, „Perspektywy Nauki”, Fundacja En Arche, Warszawa 2022, s. 474 [457–484].
- Por. S.A. Minnich, S.C. Meyer, Genetic Analysis of Coordinate Flagellar and Type III Regulatory Circuits in Pathogenic Bacteria.
- Por. W.A. Schulz, An Engineering Perspective on the Bacterial Flagellum: Part 1 – Constructive View, „BIO-Complexity” 2021, No. 1, s. 1–14, http://dx.doi.org/10.5048/BIO-C.2021.1; W.A. Schulz, An Engineering Perspective on the Bacterial Flagellum: Part 2 – Analytic View, „BIO-Complexity” 2021, No. 2, 1–16, https://dx.doi.org/10.5048/BIO-C.2021.2; W.A. Schulz, An Engineering Perspective on the Bacterial Flagellum: Part 3 – Observations, „BIO-Complexity” 2021, No. 3, s. 1–7, https://dx.doi.org/10.5048/BIO-C.2021.3.
- Por. National Science Foundation, Microscopic “Clutch” Puts Flagellum in Neutral, „NSF.gov.” 2008, June 19, https://www.nsf.gov/news/news_summ.jsp?cntn_id=111737 [dostęp: 7 II 2024]; S.B. Guttenplan, K.M. Blair, D.B. Kearns, The EpsE Flagellar Clutch Is Bifunctional and Synergizes with EPS Biosynthesis to Promote Bacillus subtilis Biofilm Formation, „PLoS Genetics” 2010, Vol. 6, No. 12, numer artykułu: e1001243, https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1001243.
- Por. T. Ikeda, K. Oosawa, H. Hotani, Self-Assembly of the Filament Capping Protein, FliD, of Bacterial Flagella into an Annular Structure, „Journal of Molecular Biology” 1996, Vol. 259, No. 4, s. 679–686, https://doi.org/10.1006/jmbi.1996.0349.
- Por. J.S. Schuhmacher, K.M. Thormann, G. Bange, How Bacteria Maintain Location and Number of Flagella?, „FEMS Microbiology Reviews” 2015, Vol. 39, No. 6, s. 812–822, https://doi.org/10.1093/femsre/fuv034; D.A. Ribardo et al., A Chaperone for the Stator Units of a Bacterial Flagellum, „mBio” 2019, Vol. 10, No. 4, numer artykułu: e01732-19, https://doi.org/10.1128/mbio.01732-19; X.Y. Zhuang, Ch.J. Lo, Construction and Loss of Bacterial Flagellar Filaments, „Biomolecules” 2020, Vol. 10, No. 11, numer artykułu: 1528, https://doi.org/10.3390/biom10111528.
- Por. R.C. Waters, P.W. O’Toole, K.A. Ryan, The FliK Protein and Flagellar Hook-Length Control, „Protein Science” 2007, Vol. 16, No. 5, s. 769–780, https://doi.org/10.1110/ps.072785407; T. Minamino et al., The Bacterial Flagellar Protein Export Apparatus Processively Transports Flagellar Proteins Even with Extremely Infrequent ATP Hydrolysis, „Scientific Reports” 2014, Vol. 4, numer artykułu: 7579, https://doi.org/10.1038/srep07579; J. Tan et al., Structural Basis of Assembly and Torque Transmission of the Bacterial Flagellar Motor, „Cell” 2021, Vol. 184, No. 10, s. 2665–2679.e19, https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.057.
- Por. J.L. Ferreira et al., γ-Proteobacteria Eject Their Polar Flagella under Nutrient Depletion, Retaining Flagellar Motor Relic Structures, „PLoS Biology” 2019, Vol. 17, No. 3, numer artykułu: e3000165; https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000165; M. Nedeljković, D.E. Sastre, E.J. Sundberg, Bacterial Flagellar Filament: A Supramolecular Multifunctional Nanostructure, „International Journal of Molecular Sciences” 2021, Vol. 22, No. 14, numer artykułu: 7521, https://doi.org/10.3390/ijms22147521.
- Por. A. Hamadeh et al., Feedback Control Architecture and the Bacterial Chemotaxis Network, PLoS „Computational Biology” 2011, Vol. 7, No. 5, numer artykułu: e1001130, https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001130; H.G. Othmer, X. Xin, Ch. Xue, Excitation and Adaptation in Bacteria-a Model Signal Transduction System That Controls Taxis and Spatial Pattern Formation, „International Journal of Molecular Sciences” 2013, Vol. 14, No. 5, s. 9205–9248, https://doi.org/10.3390/ijms14059205.
- Por. H. Mohammadi, B. Esckandariun, A. Najafi, A Stochastic Micro-Machine Inspired by Bacterial Chemotaxis, „Journal of Physics: Condensed Matter” 2017, Vol. 29, No. 1, numer artykułu: 015102, https://doi.org/10.1088/0953-8984/29/1/015102; L. Jiang, H. Mo, P. Tian, A Bacterial Chemotaxis-Inspired Coordination Strategy for Coverage and Aggregation of Swarm Robots, „Applied Sciences” 2021, Vol. 11, No. 3, numer artykułu: 1347, https://doi.org/10.3390/app11031347; S. Tachiyama et al., The Flagellar Motor Protein FliL Forms a Scaffold of Circumferentially Positioned Rings Required for Stator Activation, „Proceedings of the National Academy of Sciences USA” 2022, Vol. 119, No. 4, numer artykułu: e2118401119, https://doi.org/10.1073/pnas.2118401119.
- S.I. Aizawa, What Is Essential for Flagellar Assembly?, w: Pili and Flagella: Current Research and Future Trends, ed. K.F. Jarrell, Caister Academic Press, Poole 2009, s. 91 [91–98].
- S. Dilley, C. Luskin, B. Miller, E. Reeves, On the Relationship between Design and Evolution (przyp. tłum.).
- Por. R.M. Macnab, Flagella, w: Escherichia Coli and Salmonella Typhimurium: Cellular and Molecular Biology, Vol. 1, eds. F.C. Neidhardt et al., American Society for Microbiology, Washington 1987, s. 70–83; M.J. Pallen, N.J. Matzke, From The Origin of Species to the Origin of Bacterial Flagella, „Nature Reviews Microbiology” 2006, Vol. 4, No. 10, s. 784–790, https://doi.org/10.1038/nrmicro1493.
- E.V.R. Kojonen, The Compatibility of Evolution and Design, s. 116–117.
- M.J. Behe, Czarna skrzynka Darwina, s. 132.
- H.A. Orr, Ponownie darwinizm kontra inteligentny projekt, tłum. D. Sagan, „Filozoficzne Aspekty Genezy” 2004, t. 1, s. 40 [33–48], https://doi.org/10.53763/fag.2004.1.6.
- E.V.R. Kojonen, The Compatibility of Evolution and Design, s. 117–118.
- S. Dilley, C. Luskin, B. Miller, E. Reeves, On the Relationship between Design and Evolution (przyp. tłum.).
- Por. A.K. Gauger et al., Reductive Evolution Can Prevent Populations from Taking Simple Adaptive Paths to High Fitness, „BIO-Complexity” 2010, No. 2, s. 1–9, http://dx.doi.org/10.5048/BIO-C.2010.2.
- S.Dilley, C. Luskin, B. Miller, E. Reeves, On the Relationship between Design and Evolution (przyp. tłum.).
- Por. B. Miller, To Create Functional Proteins, Evolution Would Need a Miracle, „Evolution News & Science Today” 2023, November 14 [dostęp: 8 II 2024]. Por. też przekład tego tekstu na język polski: B. Miller, Ewolucja potrzebowałaby cudu, aby tworzyć funkcjonalne białka, tłum. D. Sagan, „W Poszukiwaniu Projektu” 2024, 14 lutego [dostęp: 23 II 2024]; B. Miller, Proteins Are Rare and Isolated – And Thus, Cannot Evolve, „Evolution News & Science Today” 2023, November 20 [dostęp: 8 II 2024]. Por. też przekład tego tekstu na język polski: B. Miller, Białka występują rzadko i są odizolowane, dlatego nie mogą ewoluować, tłum. D. Sagan, „W Poszukiwaniu Projektu” 2024, 16 lutego [dostęp: 23 II 2024]; B. Miller, C. Luskin, Defending Douglas Axe on the Rarity of Protein Folds, „Evolution News & Science Today” 2023, November 29 [dostęp: 8 II 2024]. Por. też przekład tego tekstu na język polski: B. Miller, C. Luskin, Obrona tezy Douglasa Axe’a o rzadkim występowaniu sfałdowań białek, tłum. D. Sagan, „W Poszukiwaniu Projektu” 2024, 21 lutego [dostęp: 23 II 2024].
- Por. S. Dilley, C. Luskin, B. Miller, E. Reeves, On the Relationship between Design and Evolution.
Literatura:
1. Aizawa S.I., What Is Essential for Flagellar Assembly?, w: Pili and Flagella: Current Research and Future Trends, ed. K.F. Jarrell, Caister Academic Press, Poole 2009, s. 91–98.
2. Behe M.J., Czarna skrzynka Darwina. Biochemiczne wyzwanie dla ewolucjonizmu, tłum. D. Sagan, „Seria Inteligentny Projekt”, Fundacja En Arche, Warszawa 2020.
3. Darwin K., O powstawaniu gatunków drogą doboru naturalnego, czyli o utrzymaniu się doskonałych ras w walce o byt. Dzieła wybrane, t. II, tłum. S. Dickstein, J. Nusbaum, „Biblioteka Klasyków Biologii”, Państwowe Wydawnictwo Rolnicze i Leśne, Warszawa 1959.
4. Dembski W.A., Logiczna podbudowa teorii inteligentnego projektu, w: Od Darwina do DNA. Debata wokół teorii inteligentnego projektu, tłum. D. Sagan, G. Malec, red. W.A. Dembski, M. Ruse, „Perspektywy Nauki”, Fundacja En Arche, Warszawa 2022, s. 457–484.
5. Dilley S., Luskin C., Miller B., Reeves E., On the Relationship between Design and Evolution, „Religions” 2023, Vol. 14, No. 7, numer artykułu: 850, https://doi.org/10.3390/rel14070850.
6. Ferreira J.L. et al., γ-Proteobacteria Eject Their Polar Flagella under Nutrient Depletion, Retaining Flagellar Motor Relic Structures, „PLoS Biology” 2019, Vol. 17, No. 3, numer artykułu: e3000165, https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000165.
7. Gauger A.K. et al., Reductive Evolution Can Prevent Populations from Taking Simple Adaptive Paths to High Fitness, „BIO-Complexity” 2010, No. 2, s. 1–9, http://dx.doi.org/10.5048/BIO-C.2010.2.
8. Guttenplan S.B., Blair K.M., Kearns D.B., The EpsE Flagellar Clutch Is Bifunctional and Synergizes with EPS Biosynthesis to Promote Bacillus subtilis Biofilm Formation, „PLoS Genetics” 2010, Vol. 6, No. 12, numer artykułu: e1001243, https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1001243.
9. Hamadeh A. et al., Feedback Control Architecture and the Bacterial Chemotaxis Network, PLoS „Computational Biology” 2011, Vol. 7, No. 5, numer artykułu: e1001130, https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001130.
10. Ikeda T., Oosawa K., Hotani H., Self-Assembly of the Filament Capping Protein, FliD, of Bacterial Flagella into an Annular Structure, „Journal of Molecular Biology” 1996, Vol. 259, No. 4, s. 679–686, https://doi.org/10.1006/jmbi.1996.0349.
11. Jiang L., Mo H., Tian P., A Bacterial Chemotaxis-Inspired Coordination Strategy for Coverage and Aggregation of Swarm Robots, „Applied Sciences” 2021, Vol. 11, No. 3, numer artykułu: 1347, https://doi.org/10.3390/app11031347.
12. Kojonen E.V.R., The Compatibility of Evolution and Design, „Palgrave Frontiers in Philosophy of Religion”, Palgrave Macmillan, Cham 2021.
13. Macnab R.M., Flagella, w: Escherichia Coli and Salmonella Typhimurium: Cellular and Molecular Biology, Vol. 1, eds. F.C. Neidhardt et al., American Society for Microbiology, Washington 1987, s. 70–83.
14. Miller B., Białka występują rzadko i są odizolowane, dlatego nie mogą ewoluować, tłum. D. Sagan, „W Poszukiwaniu Projektu” 2024, 16 lutego [dostęp: 23 II 2024].
15. Miller B., Ewolucja potrzebowałaby cudu, aby tworzyć funkcjonalne białka, tłum. D. Sagan, „W Poszukiwaniu Projektu” 2024, 14 lutego [dostęp: 23 II 2024].
16. Miller B., Proteins Are Rare and Isolated – And Thus, Cannot Evolve, „Evolution News & Science Today” 2023, November 20 [dostęp: 8 II 2024].
17. Miller B., To Create Functional Proteins, Evolution Would Need a Miracle, „Evolution News & Science Today” 2023, November 14 [dostęp: 8 II 2024].
18. Miller B., Luskin C., Defending Douglas Axe on the Rarity of Protein Folds, „Evolution News & Science Today” 2023, November 29 [dostęp: 8 II 2024].
19. Miller B., Luskin C., Obrona tezy Douglasa Axe’a o rzadkim występowaniu sfałdowań białek, tłum. D. Sagan, „W Poszukiwaniu Projektu” 2024, 21 lutego [dostęp: 8 II 2024].
20. Minamino T. et al., The Bacterial Flagellar Protein Export Apparatus Processively Transports Flagellar Proteins Even with Extremely Infrequent ATP Hydrolysis, „Scientific Reports” 2014, Vol. 4, numer artykułu: 7579, https://doi.org/10.1038/srep07579.
21. Minnich S.A., Meyer S.C., Genetic Analysis of Coordinate Flagellar and Type III Regulatory Circuits in Pathogenic Bacteria, w: Proceedings of the Second International Conference on Design & Nature, Rhodes, Greece, ed. M.W. Collins, C.A. Brebbia, Wessex Institute of Technology Press, Southampton 2004, s. 295–304.
22. Mohammadi H., Esckandariun B., Najafi A., A Stochastic Micro-Machine Inspired by Bacterial Chemotaxis, „Journal of Physics: Condensed Matter” 2017, Vol. 29, No. 1, numer artykułu: 015102, https://doi.org/10.1088/0953-8984/29/1/015102.
23. National Science Foundation, Microscopic “Clutch” Puts Flagellum in Neutral, „NSF.gov.” 2008, June 19 [dostęp: 7 II 2024].
24. Nedeljković M., Sastre D.E., Sundberg E.J., Bacterial Flagellar Filament: A Supramolecular Multifunctional Nanostructure, „International Journal of Molecular Sciences” 2021, Vol. 22, No. 14, numer artykułu: 7521, https://doi.org/10.3390/ijms22147521.
25. Orr H.A., Ponownie darwinizm kontra inteligentny projekt, tłum. D. Sagan, „Filozoficzne Aspekty Genezy” 2004, t. 1, s. 33–48, https://doi.org/10.53763/fag.2004.1.6.
26. Othmer H.G., Xin X., Xue Ch., Excitation and Adaptation in Bacteria-a Model Signal Transduction System That Controls Taxis and Spatial Pattern Formation, „International Journal of Molecular Sciences” 2013, Vol. 14, No. 5, s. 9205–9248, https://doi.org/10.3390/ijms14059205.
27. Pallen M.J., Matzke N.J., From The Origin of Species to the Origin of Bacterial Flagella, „Nature Reviews Microbiology” 2006, Vol. 4, No. 10, s. 784–790, https://doi.org/10.1038/nrmicro1493.
28. Ribardo D.A. et al., A Chaperone for the Stator Units of a Bacterial Flagellum, „mBio” 2019, Vol. 10, No. 4, numer artykułu: e01732-19, https://doi.org/10.1128/mbio.01732-19.
29. Schuhmacher J.S., Thormann K.M., Bange G., How Bacteria Maintain Location and Number of Flagella?, „FEMS Microbiology Reviews” 2015, Vol. 39, No. 6, s. 812–822, https://doi.org/10.1093/femsre/fuv034.
30. Schulz W.A., An Engineering Perspective on the Bacterial Flagellum: Part 1 – Constructive View, „BIO-Complexity” 2021, No. 1, s. 1–14, http://dx.doi.org/10.5048/BIO-C.2021.1.
31. Schulz W.A., An Engineering Perspective on the Bacterial Flagellum: Part 2 – Analytic View, „BIO-Complexity” 2021, No. 2, 1–16, https://dx.doi.org/10.5048/BIO-C.2021.2.
32. Schulz W.A., An Engineering Perspective on the Bacterial Flagellum: Part 3 – Observations, „BIO-Complexity” 2021, No. 3, s. 1–7, https://dx.doi.org/10.5048/BIO-C.2021.3.
33. Tachiyama S. et al., The Flagellar Motor Protein FliL Forms a Scaffold of Circumferentially Positioned Rings Required for Stator Activation, „Proceedings of the National Academy of Sciences USA” 2022, Vol. 119, No. 4, numer artykułu: e2118401119, https://doi.org/10.1073/pnas.2118401119.
34. Tan J. et al., Structural Basis of Assembly and Torque Transmission of the Bacterial Flagellar Motor, „Cell” 2021, Vol. 184, No. 10, s. 2665–2679.e19, https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.057.
35. Waters R.C., O’Toole P.W., Ryan K.A., The FliK Protein and Flagellar Hook-Length Control, „Protein Science” 2007, Vol. 16, No. 5, s. 769–780, https://doi.org/10.1110/ps.072785407.
36. Zhuang X.Y., Lo Ch.J., Construction and Loss of Bacterial Flagellar Filaments, „Biomolecules” 2020, Vol. 10, No. 11, numer artykułu: 1528, https://doi.org/10.3390/biom10111528.